73歲的林義雄，歷經滅門血案的痛苦，4年前他寫下遺書，交代女兒奐均，只要他一斷氣，就用舊床單包裹屍體，盡快火化，並用家裡準備丟棄的瓶罐裝骨灰，隨即送到慈林墓園，撒在他母親林游阿妹的墳上，不留下任何痕跡。 為何要使用廢棄瓶罐裝骨灰？林義雄指，這些台灣人丟棄的瓶罐，在窮苦國家被視為罕見的寶貝，他一生中丟棄許多為他服務、帶給他歡樂的瓶罐，只好用這種方式，對瓶罐表示敬意、謝意和歉意。 林義雄特立獨行，連交代後事也很「特別」，他不要傳統的入殮、告別、出殯等儀式，只要很少的至親摯友幫忙處理遺體，並送最後一程；也謝絕奠儀、鮮花，更不要舉辦紀念會；萬一有人要寫傳記，要求林奐均不要提供任何資料。 居喪期間，林義雄還要求前3天不接見客人及任何形式的弔唁；並準備番薯粥、番薯葉和土豆，供家人和來訪親友隨自己需要食用；大家追思往事時，最好談談他的糗事，作為教訓後代子孫的反面教材。 慈林基金會是為了紀念他被殺死的母親和女兒而成立，這也是林義雄最掛心的事。林在遺書中要求奐均，他死後20年內，不管有多少勸說和壓力，都不能擔任慈林董事長，也不可以由任何親人來擔任。 林義雄也談到妻子方素敏，認為此生虧欠最多的人是妻子，希望在死後，奐均應陪伴母親，讓她有比較快樂
的餘生。他還告訴女兒，「我死了、您活著，到底誰快活？只有天知道。」 回顧一生，林義雄認為自己一生中犯了許多錯誤，虧欠別人和社會太多了，但他也相信，死亡和出生一樣，只是另一個開始，死亡後的一切，應該不會比出生後的一切來得糟。他甚至說，如果能選擇，「要我再出生在台灣一次，那我是絕對不幹的。」
